Franz Lefort là con của một thương nhân Thụy Sĩ giàu có. Tính thích hưởng thụ cuộc đời vui tươi đã nhanh chóng dập tắt mọi ý tưởng về buôn bán như người cha, nên ông gia nhập quân đội Hà Lan để chống Pháp, rồi năm lên 19 đi đến Nga nhưng không tìm được việc làm trong hai năm đầu. Dần dần ông nhận quân hàm đại úy, dưới chế độ phụ chính của Sofia Alekseyevna được Hoàng thân Vasily Vasilievich Golitsyn chú ý, tham gia hai chiến dịch đánh Azov ở Krym. Khi Patrick Gordon dẫn đoàn sĩ quan nước ngoài rời Sofia để gia nhập với Sa hoàng Pyotr I ở Troitsky, Lefort cũng đi theo. Ít lâu sau khi Sofia bị lật đổ, Lefort được thăng thiếu tướng năm 34 tuổi.